Tech Meridian ← К СУЩНОСТЯМ
PROМОЙ MERIDIAN EN

ТЕМА · ENTITY #5638

docking

Хронология связанных событий, источники и контекст из новостной базы.

ХРОНОЛОГИЯ СОБЫТИЙ

2

RESEARCH · 1 ИСТОЧН. · arXiv cs.AI

Magnolia: фреймворк с постоянной памятью для вычислительной химии

Magnolia — это агентный фреймворк с постоянной памятью, который объединяет LLM‑поддержку с вычислительными химическими процессами (докинг, молекулярная динамика, квантовая химия), электронными лабораторными журналами и чат‑логами через трёхуровневую память (сессия → проект → межпроектные правила). Авторы показывают четыре кейса (оценка ароматических систем из COMPAS, MD бутана и модифицированной ДНК, докинг белок‑пептид), отмечая 317 запущенных прогонов, 116 проектных записей, четыре повышенных межпроектных правила и улучшенные показатели в повторных контролируемых запусках по сравнению с версиями без памяти.

7.0

RESEARCH · 1 ИСТОЧН. · arXiv cs.AI

SpecOpt: агентный контакт‑дифф метод для оптимизации специфичности связывания существующих молекул (arXiv:2609.21165v1)

В препринте вводится задача «оптимизация специфичности» (SpecOpt): ограниченные структурные изменения уже существующих препаратов, повышающие избирательность связывания для целевого белка по сравнению с измеренными офф‑таргетами при сохранении лекарственно‑подобных свойств. Авторы собрали бенчмарк из ChEMBL и предложили агентный конвейер: докинг к целям и офф‑таргетам, представление различий через резидус‑чувствительные атом‑белковые контакты, генерация модификаций LLM и фильтрация по схожести, ADMET и селективности докинга; на 915 соединениях средний разрыв в связывании сдвинулся с −0.72 до +0.47 kcal/mol, улучшилось 84.8% соединений при средней Tanimoto‑схожести 0.72; абляции показали критическую роль идентичности резидуов.

7.0